En ésta temporada el Valencia hizo un gran fútbol de la mano de quien fue su nuevo entrenador, Jacinto Quincoces, quien había entrenado previamente al Real Zaragoza, Real Madrid y a la selección española.
Prueba de esto fue la consecución del campeonato de la Copa del Generalísimo. El Valencia se volvió a plantar en la final y su rival era el Ath.Bilbao. Pero esta vez el escenario no era Montjuic, estadio que tan mala suerte había dado al Valencia en sus últimas tres finales de Copa, sino que la final se jugó esta vez en Chamartín. El Valencia no partía como favorito pero sin embargo se alzó con la victoria en un partido en el que Epi, que iba a jugar su ultimo partido como valencianista, marcó el único gol del partido y por tanto de la victoria. Los cerca de 30.000 seguidores valencianistas que se habían desplazado a Madrid celebraron la victoria por todo lo alto, así como lo celebró toda la ciudad de Valencia cuando el trofeo fue entregado a Nuestra Patrona de Valencia en la Real Basílica de Nuestra Señora de los Desamparados.
En cuanto al Campeonato de Liga también el Valencia estuvo a un muy buen nivel y al final quedó clasificado en segunda posición a 2 puntos del campeón, que fue de nuevo el Barcelona. El buen hacer del entrenador se dejó notar durante toda la competición y hombres que habían disminuido mucho en su eficacia en la temporada anterior volvieron a brillar. Prueba de ello fue que Mundo, que había sido tantas veces el máximo goleador del Valencia y de la liga, volvió a marcar tantos goles como según su calidad era de esperar. Los 6 goles que había marcado en la temporada anterior casi los triplico en ésta. Así marcó 16 goles en 22 partidos.
Uno de los jugadores mas destacados de ésta temporada fue Antonio Puchades, el cual no había jugado prácticamente con el equipo desde su fichaje por el Valencia en la temporada 46/47. El entrenador confió en él y acertó. El jugador fue convocado en ésta temporada por primera vez para jugar con la Selección Española. En ésta temporada el Valencia volvió perder a otro jugador de su célebre "delantera eléctrica". Esta vez fue Epi quien dejó al equipo puesto que en la temporada siguiente se había comprometido con la Real Sociedad. El último partido del jugador será siempre recordado puesto que fue en la final de la copa frente al Ath.Bilbao donde Epi marcó el gol del triunfo y realizó un partido fabuloso.
En ésta temporada la Real federación Española de Fútbol entregó la Copa de Honor a Luis Casanova, como reconocimiento a su buen hacer al mando del Valencia.
Campeonato Nacional de Liga
El equipo había cambiado de entrenador lo cual se dejó notar en la mejoría del juego que había desarrollado el equipo en la temporada anterior. El Valencia desarrollo una magnífica temporada, sin embargo, también la desarrollo el equipo que éste año se proclamó campeón, el Barcelona. Tras la primera vuelta el Valencia estaba clasificado en cuarta posición con 17 puntos, a dos del que era líder, el Real Madrid.
En la segunda vuelta el equipo ganó 8 partidos, empató 2 y perdió otros tres, pero sin embargo fue superado por el Barcelona. El Valencia quedó finalmente clasificado segundo con 35 puntos a dos del Barcelona.
La alineación que jugó el primer partido del campeonato fue: Eizaguirre, Monzó, Juan Ramón, Asensi, Puchades, Herrero, Pasieguito, Mundo, Epi, Igoa, Seguí. El Valencia marcó en esta temporada 78 goles, frente a los 59 de la temporada anterior y los goleadores del Valencia fueron: Mundo (16 goles), Seguí e Igoa (15 goles), Epi (12 goles), Amadeo (6 goles), Gago (5 goles), Escrivá (4 goles), Pasieguito (3 goles), Díaz (1 gol), más 1 gol rival en propia meta.
Copa del Generalísimo
Por fin el Valencia se iba a alzar con su segundo Campeonato de Copa. En los últimos cinco años el Valencia había jugado tres finales de copa. Las tres en Montjuic y las tres las había perdido consecutivamente. Por fin éste año se iba a conseguir. El escenario, por suerte, no volvió a ser Montjuic sino que la final se disputó en Chamartín. Pero vayamos primero con las eliminatorias previas a la final.
Los octavos de final se jugaron a partido único. El Valencia se enfrentó al RCD La Coruña en Riazor el 24 de Abril de 1949 y se impuso al equipo gallego por 0-1 con gol de Seguí.
Los cuartos de final se jugaron a partido doble y al Valencia le tocó en suerte la Real Sociedad, equipo que le había eliminado en la temporada anterior. El partido de ida se jugó en Mestalla, el 1 de Mayo, y el Valencia se impuso por un ajustado 3-2, con dos goles de Epi y uno de Seguí. En el partido de vuelta en San Sebastián, el 8 de Mayo, el Valencia volvió a ganar en Atocha por 1-2 con goles de Pasieguito y Epi.
En semifinales el Valencia se enfrentó al Barcelona, equipo que le había arrebatado el triunfo en los dos últimos años. El equipo se tomó la revancha y eliminó al campeón de la liga en una emocionante eliminatoria. Victoria valencianista en Mestalla el 15 de Mayo por 3-1 con goles de Epi (2), y Pasieguito. En el partido de vuelta, el Valencia perdió en Les Corts 3-2, el 22 de Mayo, con goles de Igoa y Seguí. El resultado fue insuficiente para el Barcelona, que fue eliminado de la competición, y puso al Valencia C.F. de nuevo en la final de la Copa del Generalísimo.
Y por fin... la final. Fue el 29 de Mayo de 1949. Miles de valencianistas se desplazaron a Madrid para ver ganar a su equipo, que se enfrentaba al poderoso Athletic de Bilbao. Y el Valencia ganó 1-0. El máximo responsable de la victoria fue Epi, que jugaba su último partido como valencianista, y en la segunda parte marcó el gol que supuso la victoria y la Copa para el Valencia.
El once que alineó el Valencia C.F. en la final fue: Eizaguirre, Asensi, Alvaro, Díaz, Monzó, Puchades, Epi, Pasieguito, Mundo, Igoa y Seguí. El triunfo fue celebrado por todo lo alto en Valencia. Al día siguiente del partido el equipo llegó a Valencia y la Copa fue ofrecida a la Virgen de los Desamparados. Posteriormente todos los jugadores y directiva se desplazaron al Ayuntamiento para dedicar la Copa a toda su afición.
Plantilla de la temporada 1948-1949
| Presidente | Luis Casanova Giner |
| Entrenador | Jacinto Quincoces |
| Porteros | Bienvenido, Eizaguirre, Pérez |
| Defensas | Álvaro, Díaz, Juan Ramón, Sáenz |
| Medios | Herrero, Monzó, Pasieguito, Puchades, Santacatalina |
| Delanteros | Amadeo, Asensi, Epi, Escrivá, Gago, Giraldós, Igoa, Mundo, Seguí |