Quique Sánchez Flores llegó al Valencia CF con 19 años procedente del modesto Pegaso de Madrid. Fue un fichaje imprevisto y, a la vez, una sorpresa descomunal, porque nada más llegar se hizo con la titularidad en la derecha de la defensa y, salvo lesiones, la conservó durante una década entera. Fue jugador del Valencia desde 1984 hasta 1994, año en el que aceptó una oferta para jugar en el Real Madrid.

Tras su retirada se dedicó a escribir de fútbol con la misma soltura que gastaba en el campo, y a realizar labores de comentarista deportivo en radio y televisión, con un nivel muy superior al habitual en el gremio. Mientras, preparaba su título de entrenador y comenzó su carrera como técnico en el Getafe CF recién ascendido a Primera División en la temporada 2004-2005, con el que consiguió mantener la categoría con un juego muy vistoso. En la temporada 2005-2006, Quique Sánchez Flores regresó al Valencia CF como entrenador de la primera plantilla, en una apuesta personal del recién estrenado director deportivo del club, Javier Subirats.

En el Valencia, Quique asumió el reto de devolver al equipo a puestos europeos. En las dos temporadas siguientes logró la clasificación para la Liga de Campeones, llegando en la primera de ellas hasta los cuartos de final, donde fue eliminado por el Chelsea FC. No obstante, el juego del equipo nunca convenció a la exigente afición valencianista, y la presión social provocó su destitución a comienzos de su tercera temporada en la entidad valenciana pese a haber alcanzado todos los objetivos marcados.

En 2008 marchó a entrenar al Benfica portugués, por el que firmó un contrato de dos años, con opción a un tercero. Sin embargo, al terminar la temporada 2008/2009 abandonó el club lisboeta.

En 2009, fichó por el Atlético de Madrid con el que se proclamó campeón de la Europa League en 2010, y en agosto de ese mismo año, la Supercopa Europea contra el Inter de Milán. Sin embargo, la temporada 2010-11 no terminó de la mejor manera y Quique no renovó. En 2011 fichó por el Al-Ahli de Dubai.