José Manuel Ochotorena nació en San Sebastián, pero inició su carrera como futbolista en las categorías inferiores del Real Madrid, llegando al Castilla, equipo filial del club blanco, en 1979, cuando sólo tenía 18 años. No llegó a debutar, ya que la competencia con Agustín era grande. Jugó 12 partidos en los dos cursos siguientes, en dura pugna con Recio por un puesto en el once, pero se encontró con un inesperado debut con el primer equipo en Primera División el 11 de abril de 1982, con motivo de una huelga de los futbolistas profesionales. Se mantuvo otras dos campañas en el Castilla, ya como titular indiscutible, completando 64 partidos en Segunda.

En el verano de 1984 ascendió a la plantilla del primer equipo madrileño, aunque apenas jugó en su primera temporada, siendo de nuevo suplente de Agustín. Tuvo más opciones en la 85-86, en la que disputó 25 partidos y encajó 25 goles, pero sus dos últimas temporadas en Chamartín las pasó a la sombra de Buyo, por lo que en el verano de 1988 buscó mejores opciones y firmó con el Valencia CF. Llegó a Mestalla un portero hecho, con unas prestaciones sensacionales que se consolidó como titular indiscutible desde el primer partido. Completó las 38 jornadas de la temporada 1988-1989 a un nivel espectacular, conquistando el Trofeo Zamora al portero menos goleado de la Liga (25 goles encajados) y ayudando al equipo a finalizar en tercera posición.

En Valencia Ochotorena se convirtió en un portero con galones y autoridad en el área. En las salidas tapaba todos los ángulos, haciendo imposible el disparo a los delanteros. Por alto era imbatible y se ganó el liderazgo sobre la zaga gracias, entre otras cosas a su magnífico posicionamiento y a la seguridad que infundía en sus compañeros. Con el Valencia llegó a ser internacional, debutando el 20 de septiembre de 1989 contra Polonia, y estuvo presente en el Mundial de Italia de 1990. Se mantuvo dos temporadas más en el Valencia a un gran nivel, pero en la última, la 1991-1992, perdió la titularidad en favor de Sempere.

Sobrepasada la treintena, en 1992, marchó al Tenerife, donde jugó con poca regularidad durante dos campañas. Consiguió un mayor éxito en el Logroñés, donde completó 20 partidos en la temporada 94-95, no pudiendo evitar el descenso del conjunto riojano. Pasó dos temporadas más en el Racing antes de regresar al Logroñés, donde se retiró en el verano de 1998, a los 36 años de edad. Tras su retirada, volvió al Valencia para convertirse en preparador de porteros, compaginando esta actividad con la de la selección española.