Francisco Muñoz Pérez nació en Estepona, localidad costera de la provincia de Málaga, donde se formó futbolísticamente antes de dar el salto al desaparecido Club Deportivo Málaga, con el que debutó en Segunda División a los 18 años de edad, y con el que vivió 7 temporadas en la élite del fútbol español, pasando cuatro cursos en la máxima categoría y tres en la de plata. Llegó al Valencia en el verano de 1985, tras su segundo descenso con el club blanquiazul, a un club en plena crisis económica, cuya capacidad de refuerzo se limitaba a jugadores en busca de mejor fortuna. Pese a su juventud (25 años), Paco acumulaba 169 partidos oficiales en sus piernas, y una experiencia que le había convertido en uno de los laterales izquierdos más destacados de la Liga española.

Se trataba de un defensor con una planta imponente, no exento de técnica, con capacidad de desborde y un amplio recorrido por la banda que le permitía llegar hasta el área rival con soltura para asistir a sus delanteros e incluso marcar goles (llegó a anotar 9 tantos con el conjunto malacitano). En Valencia encontró un equipo abocado al desastre, en el que Di Stéfano quiso, además, cambiarle de posición para reconvertirle en mediocentro defensivo. Paco participó en 20 partidos, 19 como titular, con un gol y dos asistencias. Una buena carta de presentación que se vio oscurecida con el descenso a Segunda División. Tras un año en el infierno (18 partidos, 12 como titular), el equipo regresó a Primera y cuando menos contaba, el Real Madrid de Leo Benhakker solicitó su cesión ante la sorpresa de propios y extraños.

Muñoz Pérez abandonó la concentración de pretemporada para unirse al club blanco, en el que sólo jugó un partido como titular al que sumó cuatro apariciones como suplente. A cambio, añadió un título de Liga a su vitrina. A su vuelta el equipo había cambiado drásticamente, y ya no hubo sitio para él, por lo que optó por buscar cambiar de aires y buscar fortuna en Ceuta, donde jugó 10 partidos y anotó dos goles. Finalizado el curso del 89, Muñoz Pérez fichó por el Estepona, club en el que se había iniciado como jugador, donde jugó 5 temporadas en Segunda División B (117 partidos y 6 goles), hasta su retirada a los 33 años en el verano de 1994. Años más tarde, en 2007, el Ayuntamiento de Estepona quiso homenajear a uno de los futbolistas más importantes de su historia dando nombre al nuevo campo de fútbol municipal, inaugurado en el mes de julio.