Nacido en la localidad valenciana de Loriguilla, Héctor Pilán se formó como defensa central en las categorías inferiores del Valencia CF, destacando por su altura y fortaleza física. Pasó del juvenil A al Mestalla en el verano de 2003, debutando en la Segunda División B bajo las órdenes de Voro en la primera jornada de Liga, el 31 de agosto de 2003, en la derrota en casa por 0-3 contra el Castellón. No tuvo excesiva continuidad en aquella temporada, ya que únicamente disputó 7 partidos con el filial, que además terminó perdiendo la categoría.

Con el tiempo, Héctor se fue consolidando en el equipo y fue jugando con mayor regularidad, llegando incluso a debutar con el primer equipo de la mano de Quique Sánchez Flores en un partido amistoso contra el Villarreal, disputado en el estadio de La Murta, en Xàtiva, el 5 de octubre de 2005, jugando como titular los primeros 45 minutos. En el verano de 2006, y ante la falta de oportunidades, Héctor decidió aceptar una oferta del Alzira, donde permaneció tres temporadas, logrando el ascenso a Segunda B en 2008. La temporada 2008-2009 participó en un total de 19 partidos en la categoría de bronce con el equipo de la Ribera Alta, pero no pudo evitar el descenso a Tercera. Finalizada la temporada, decidió poner punto y final a su carrera deportiva a los 25 años de edad.