El argentino Éver Banega comenzó a practicar el fútbol la escuela del club Alianza Sport de Rosario, su ciudad natal. Pasó por las categorías inferiores de Newell's Old Boys, hasta que, el entrenador de juveniles Jorge Griffa, lo ficha para Boca Juniors, donde comienza a despuntar en la posición de mediocentro defensivo, pasando a entrenar con el primer equipo a mediados de 2006, cuando aún tenía 18 años. El 10 de febrero de 2007 se produjo su debut en partido oficial contra Banfield, jugando en la siguiente temporada y media 44 partidos, destacando por su gran personalidad, su actitud y lucha en el centro del campo y su claridad para la circulación del balón. Sus buenas actuaciones atrajeron el interés de varios clubes europeos. En el mercado de invierno, Boca recibió una oferta de la Juventus por 15 millones de euros, que rechazó, y finalmente terminó en el Valencia CF a cambio de 26 millones de dólares.

La llegada de Banega al Valencia se produjo en enero de 2008. El equipo vivía una época convulsa tras la destitución de Quique Flores y la llegada del nuevo entrenador, Ronald Koeman, que confió plenamente en él, llegando a disputar un total de 17 partidos entre Liga y Copa. Con el equipo valencianista consiguió la Copa del Rey, a pesar de no jugar la final contra el Getafe. En agosto de ese año, con el comienzo de la temporada 2008-2009, Unai Emery, nuevo entrenador del Valencia, consideró que lo mejor era cederlo, por lo que el mediocentro marchó al Atlético de Madrid para jugar cedido una temporada. En la Liga, el Atlético acabó en el cuarto puesto, a 20 puntos del Barcelona que se proclamó campeón y terminó jugando 31 partidos y marcó 1 gol. Finalizada la cesión al Atlético, Banega manifestó el deseo de quedarse en el Valencia. Durante las siguientes cuatro campañas, Banega alterna actuaciones estelares con partidos en los que pasa desapercibido. Además, su falta de disciplina y episodios extradeportivos fuera del campo, empobrecieron su rendimiento e impidieron que Banega se consagrara en Mestalla. En cinco temporadas, Banega disputa un total de 188 partidos, pero entre media da positivo en un control de alcoholemia, atropella a una anciana a la salida de un entrenamiento, quema su Ferrari nuevo y llega tarde a varios entrenamientos.

Todas estas situaciones provocan que, en el verano de 2014, se le busque salida del club. El 17 de agosto de 2014, pocas horas antes de la presentación del Valencia, se hace oficial su traspaso al Sevilla FC por dos temporadas por una cantidad cercana a los 2 millones de euros. Con el equipo andaluz conseguiría proclamarse campeón de la Europa League en sus dos primeros cursos de forma consecutiva, participando en 94 partidos oficiales en los que anotaría 12 goles. Tras ser elegido MVP de la final de la Europa League, Banega firma por el Inter de Milán, donde marca 6 goles en 32 partidos. Sin embargo, en el verano de 2017, el futbolista argentino regresa al Sevilla FC.