El mediapunta esloveno Zlatko Zahovic nació en Maribor en 1989, cuando el territorio todavía pertenecía a la extinta Yugoslavia. Se formó futbolísticamente en las categorías inferiores del Kovinar de su ciudad natal, dando el salto al fútbol profesional a los 18 años, tras firmar un contrato con el Partizán de Belgrado en el verano de 1989. Jugó un total de 37 partidos oficiales, en los que marcó seis goles, aunque entre 1990 y 1991 estuvo cedido en el Proleter Zrenjanin, con el que disputó un total de 25 encuentros. En el verano de 1993 Zahovic se trasladó a Portugal para defender la camiseta del Vitoria de Guimaraes, donde participó en 79 partidos e hizo 13 goles en tres temporadas, destacando como uno de los mejores jugadores de la Liga lusa. Sus buenas actuaciones le permitieron fichar por el Oporto, uno de los clubes punteros del país, donde permaneció tres campañas en las que jugó 84 partidos y marcó 27 goles.

Ya en el verano de 1999 el nombre de Zlatko Zahovic comenzó a sonar como posible refuerzo para el Valencia, pero el jugador fue finalmente traspasado al Olympiakos griego a cambio de 10 millones de euros. Allí no tuvo fortuna, y únicamente intervino en 14 partidos, en los que aportó siete goles. Finalizada la temporada, el Valencia, que acababa de quedar subcampeón de Europa, volvió a interesarse por el jugador y lo fichó, realizando una inversión de 5,5 millones de euros. Llegaba como el jugador más importante de Eslovenia, héroe de su selección (22 goles en 46 partidos), con la que acababa de conseguir una sorprendente clasificación para la Eurocopa. Zahovic tenía un buen manejo del balón y una formidable visión de juego, además de olfato goleador. En la parte negativa, el futbolista esloveno era conocido por sus diferencias con los entrenadores que había tenido a lo largo de su carrera.

En el Valencia tuvo un rendimiento muy irregular, lejos del esperado con su fichaje. Jugó 31 partidos oficiales en los que marcó seis goles, pero no llegó a cuajar en el equipo. No fue titular en la final de la Champions League contra el Bayern de Munich, pero salió al campo en el minuto 85. Siempre será recordado porque tuvo en sus botas la sentencia de aquel amargo partido en un par de ocasiones que erró. También fue uno de los jugadores que desafortunadamente falló su penalty en la fatídica tanda final. Acabado el curso, el club y el jugador llegaron a la conclusión de que lo mejor para ambos era separar sus caminos, por lo que volvió a Portugal para defender la camiseta del Benfica durante tres temporadas, en las que hizo 19 goles en 81 partidos. En su última temporada, con la llegada de Giovanni Trapattoni al banquillo, Zahovic comenzó a perder protagonismo, por lo que en 2005 decidió colgar las botas y poner punto final a su carrera profesional, a los 33 años de edad.