El 14 de septiembre de 1963 se celebró la junta general ordinaria anual, que ratificó en la presidencia a Julio de Miguel y Martínez Bujanda, así como a su equipo directivo. Además, se aprobó la memoria de la campaña anterior y un presupuesto de 43 millones de pesetas para la temporada actual, el mayor desde la fundación del club.
Mundo sustituye a Pasieguito
En el aspecto deportivo, Bernardino Pérez "Pasieguito" inició la temporada en el banquillo del Valencia, pero el 14 de enero de 1964 fue destituido y Edmundo Suárez "Mundo", hasta la fecha el técnico del CD Mestalla, ocupó su puesto. El Valencia había perdido hasta diez partidos en Liga, dos de ellos en Mestalla, y ocupaba una situación peligrosa en la tabla clasificatoria, que incluso amenazaba con la continuidad del equipo en Primera División, de ahí la necesidad del cambio en el banquillo.
El Mestalla refuerza al primer equipo
Esta temporada causaron baja en la plantilla los jugadores Yosu Trío y Antonio Salvador, que fueron traspasados al Racing de Santander canjeados a cambio de Suco y Odriozola, Luis Coll, que se fue al Granada, y José Ginesta, que fichó por el Atlético Ceuta. Para cubrir estas posiciones, la entidad valencianista fichó al portero del Tenerife Cipriano González "Ñito", y ascendió del equipo filial a "Totó" Pascual, Luis Vilar, Aberto Arnal, Manuel Cabello y Francisco Vidagany.
Exitosa gira por México
En agosto de 1963, el Valencia emprendió una gira por México que resultó un gran éxito deportivo y popular y que, además, llevó emparejadas repercusiones políticas, pues desde la guerra ningún equipo español había visitado el país centroamericano. El Valencia disputó tres encuentros en México DF, en el estadio Ciudad Universitaria, los días 13, 15 y 18 de agosto, que se saldaron con una victoria frente al América por 0-2, con dos goles de Suco, un empate 1-1 frente a los Pumas UNAM, con gol de Héctor Núñez, y una derrota por 4-1 contra el Oro de Guadalajara, con gol de Suco. El equipo che disputó un último partido en Veracruz, el 20 de agosto, que se saldó con goleada valencianista por 3-8, con dos goles de Waldo, dos de Urtiaga, dos de Ribelles, Sánchez Lage y Suco.
Últimos en el Trofeo Carranza
El Valencia fue invitado, durante la pretemporada, para disputar la IX edición del prestigioso Trofeo Carranza de Cádiz, donde se daban cita los mejores equipos de Europa. Este año, completaron la terna de participantes la Fiorentina italiana, el Benfica portugués y el FC Barcelona. En las semifinales, disputadas el 31 de agosto, el Valencia fue derrotado por los italianos en la prórroga por 3-2, con goles de Héctor Núñez y Waldo. En el partido de consolación, disputado al día siguiente, el equipo valencianista fue derrotado por el Barcelona por 4-1 (gol de Guillot), por lo que el Valencia finalizó el torneo en la última posición. El campeón fue el Benfica que ganó en la final a la Fiorentina por 7-3.
El Valencia escapa de la promoción en los últimos cinco partidos
En esta temporada el Valencia en Liga hizo una mala primera vuelta perdiendo un gran número de partidos, nueve en total, motivo por el cual el entrenador Pasieguito fue cesado y se nombró como sustituto a Mundo, que consiguió levantar al equipo, aunque muy lentamente, y terminar la competición con el Valencia sexto, tras un excelente sprint final rematado con cinco victorias seguidas.
En la Copa del Generalísimo de ese año, en la primera eliminatoria, el sorteo curiosamente hizo que se jugara contra el filial, CD Mestalla, al que venció por 2-0 y por 0-5. En esta ocasión, jugando simultaneamente esta competición junto a la Copa de Ferias, el Valencia alcanzó de nuevo la semifinal perdiendola contra el Atlético de Madrid.
Subcampeones de la Copa de Ferias
Cuatro días antes de la semifinal de la Copa del Generalísimo el Valencia jugó la final de la Copa de Ferias. Este año la final europea fue española porque jugó contra el Zaragoza, pero el equipo no pudo repetir el éxito de las dos campañas anteriores y acabó subcampeón. Anteriormente, el Valencia había eliminado a equipos como el Rapid de Viena o el Colonia.
El Flamengo se lleva el Trofeo Naranja
La IV edición del Trofeo Naranja se disputó hacia el final de la temporada, poco antes de la final de la Copa de Ferias, y reunió al Nacional de Montevideo, al Flamengo y al Valencia. El 16 de junio de 1964 el Valencia se impuso por 4-2 a los uruguayos, con goles de Waldo, Suco, Totó y Urtiaga. Dos días más tarde, el Nacional derrotaba al Flamengo por 1-0. Sin embargo, el conjunto carioca se llevaría el trofeo tras derrotar al Valencia, el 20 de junio, por un contundente 1-3 (gol de Waldo).
Campeonato Nacional de Liga
La Liga comenzó para el Valencia en Mestalla, el 14 de septiembre, contra el FC Barcelona. Pero debido a un gran aguacero que fundió el aparato eléctrico, se tuvo que aplazar el partido hasta el 13 de noviembre, partido que perdió el Valencia por 0-2. El equipo completó una muy mala primera vuelta perdiendo un total de nueve partidos, contra Sevilla, Elche, Barcelona, Betis, Real Madrid, Valladolid, Murcia y Zaragoza.
En el primer partido de la segunda vuelta, contra el FC Barcelona, el Valencia cayó goleado por un contundente 4-0, resultado que provocó el cese fulminante del entrenador. Pasieguito fue destituido por la directiva y Edmundo Suárez "Mundo" dejó el banquillo del Mestalla para coger las riendas del primer equipo.
El nuevo entrenador dio los resultados inmediatos que esperaba la directiva, ya que el Valencia realizó una gran segunda vuelta, venciendo 10 partidos de 14 que quedaban para terminar la competición. Se derrotó a Sevilla, Oviedo, Elche, Cordoba, Betis, Valladolid, Pontevedra, Murcia, Atlético de Madrid y Zaragoza. Lo que empezó con una desastrosa primera vuelta, que llevó al equipo a coquetear con los puestos de promoción de descenso, acabó con una discreta sexta posición, con 32 puntos.
En esta ocasión el Real Madrid consiguió el cuarto título consecutivo. El Barcelona quedó segundo en la tabla. El Betis con Luis Aragonés como figura junto a Fernando Ansola, que más tarde sería jugador del Valencia, quedó tercero. Waldo fue el segundo máximo goleador nacional con 18 goles por detrás del sudamericano Romero del Elche. Sin embargo, los guarismos anotadores de los dieciséis equipos participantes continuaron disminuyendo hasta situarse en 669 goles, 2,78 por partido.
En la Liga el Valencia marcó 60 goles: Waldo (18 goles), Guillot (8 goles), Martínez (7 goles), H. Núñez y S. Lage (5 goles), Roberto y Cabello (4 goles), Ficha (3 goles), Urtiaga (2 goles), Endériz, Suco, Paquito y Chicao (1 gol).
Copa del Generalísimo
La Copa del Generalísimo de 1964 deparó en su primera ronda un emparejamiento histórico. Por primera vez, el Valencia CF y su equipo filial, el CD Mestalla, se enfrentaban en un partido de competición oficial. La superioridad de los mayores fue absoluta, ya que consiguieron vencer en los dos encuentros.
En el primer partido, celebrado el 1 de mayo, el primer equipo, que ejercía de equipo local en Mestalla, se impuso con una gran facilidad por 2-0, con goles de Héctor Núñez y Guillot. El 9 de mayo, en el mismo escenario, se certificó la superioridad valencianista sobre el Mestalleta, que no pudo evitar la goleada 5-0 (2 Guillot, Héctor Núñez, Waldo y Sánchez Lage).
En los octavos de final, el Deportivo Coruña ganó al Valencia el 17 de mayo por 1-0 en el partido de ida disputado en Riazor, con gol de Veloso. Fue un partido muy incómodo de jugar para el equipo dirigido por Mundo. Pero la vuelta en Mestalla, que se jugó sólo cuatro días después, resultó plácida para un Valencia que goleó 5-0 al conjunto gallego, con tantos de Waldo, Héctor Núñez, Guillot (2) y Sánchez Lage.
La buena racha continuó para el Valencia en los cuartos de final, al arrancar el 24 de mayo un esperanzador empate a dos en el estadio bético Benito Villamarín. Con sus dos goles, Ficha fue la figura goleadora para la escuadra valenciana; el primero, tras jugada personal, y el segundo, tras rematar un centro preciso de Suco. Areta II había adelantado a los verdiblancos, y Ansola cerró el marcador. El Valencia ratificó su pase a semifinales en Mestalla, el 30 de mayo, tras vencer al conjunto andaluz por 2-1 en un partido correoso marcado por la fortaleza defensiva verdiblanca durante el primer tiempo, así como por la mala fortuna de Waldo, que estrelló dos balones en la madera de la portería defendida por Pepín. Pero en la segunda mitad, el conjunto local inauguró el luminoso por mediación de Ficha, si bien recibió un sobresalto trece minutos después, los que tardó el Betis en empatar el encuentro por medio de Ansola. Desde entonces, y hasta el final, el Valencia se lanzó a un continuo ataque sobre el área andaluza, y obtuvo su recompensa con el providencial gol de Sánchez Lage, anotado en el minuto 74.
De nuevo el Valencia conseguía alcanzar las semifinales de la Copa del Generalísimo, y el Atlético de Madrid era el último obstáculo para llegar a la final, pero los últimos enfrentamientos coperos se habían saldado con triunfo rojiblanco. Además, el Valencia estaba más pendiente de la final de la otra competición en la que estaba inmerso, la Copa de Ferias, y se enfrentó a un Atlético mejor físicamente.
La ida se celebró el 7 de junio en Valencia y el resultado fue de empate a un gol. Waldo, de golpe franco directo, batió a San Román en el minuto 3, pero Collar igualó la contienda al culminar una jugada personal. Mundo presentó el siguiente once: Zamora II, Piquer, Quincoces II, Arnal, Paquito, Roberto, Héctor Núñez, Ficha, Guillot, Waldo, Sánchez Lage y Suco. La vuelta se celebró el día 28 de junio en el estadio Metropolitano, cuatro días después de la final de la Copa de Ferias. Allí, el conjunto rojiblanco certificó su superioridad en la eliminatoria derrotando al Valencia por 3-1, con goles de Cardona, Adelardo y Jones. Urtiaga, de penalty, anotó el único tanto valencianista. El técnico del Valencia realizó dos cambios respecto a la alineación que había presentado en Mestalla: Guillot por Héctor Núñez y Urtiaga por Sánchez Lage.
De nuevo el Valencia se quedó a las puertas de la final de la Copa del Generalísimo. Contra todo pronóstico, el Real Zaragoza, que había eliminado al Barcelona en la otra semifinal, se proclamó Campeón de Copa, al derrotar al Atlético de Madrid por 2-1 en la final disputada en el estadio Santiago Bernabéu.
Copa de Ferias
De nuevo el Valencia y por tercer año cosecutivo participaba en este trofeo para los mejores equipos europeos. Fue el vencedor de los dos trofeos de los años anteriores y era el rival a batir por todos los equipos.
El primer equipo que le tocó al Valencia fue el Shamrock Rovers de Dublín, equipo que había sido diez veces campeón de la liga irlandesa y que estaba controlado por la familia Cunningham. El partido de ida se jugó en el Dalymount Park de Dublín el 18 de Septiembre de 1963. El resultado fue de 0-1 a favor del Valencia con un gol de Suco. La vuelta se jugó el día 10 de Octubre. Empezó marcando el equipo irlandés dos goles pero el Valencia reaccionó e igualó la difícil eliminatoria con dos goles de Guillot y Arnal. El resultado final por tanto 2-2.
En segunda ronda el equipo contrario fue el Rapid de Viena, un equipo con una gran entidad en Europa. La ida, el día 6 de Noviembre, se zanjó con empate a cero y en la vuelta, en Mestalla, el Valencia consiguió ganar 3-2 (Waldo, Guillot, Roberto).
Los cuartos de final tuvieron lugar, a propuesta de Don Julio de Miguel a la UEFA, meses más tarde, en concreto en Marzo. De esta manera se evitó jugar durante el frío invierno de los paises del norte de Europa. El rival del 8 de Marzo fue el Ujpest Dosza de Budapest. El primer partido, en casa se venció por 5-2 (3 de Waldo y 2 de Héctor Núñez) en un buen partido. Un mes más tarde, el 8 de Abril, se jugó el partido de vuelta en Budapest. Empezó marcando tres goles el equipo local (el primero de ellos entró por fuera al estar rota la red de la porteria), lo que ponía la eliminatoria en tablas pero Héctor Núñez consiguió marcar un dudoso penalty pitado a Ficha y con el resultado de 3-1 el Valencia pasó a la semifinal.
El Colonia alemán fue el equipo que derrotó el Valencia en la semifinal. El primer partido, 6 de Mayo, se jugó en casa con gran victoria valencianista por 4-1 (2 de Waldo, Roberto y Ficha). El 13 de Mayo se jugó el partido de vuelta con resultado de 2-0 a favor del Colonia. Hay que destacar que Zamora paró un penalty a diez minutos del final del partido.
Y ya solo quedaba la final contra el Zaragoza, pero no pudo ser y el Valencia que estaba inmerso en otras competiciones cayó derrotado injustamente en el único encuentro que se jugó. El partido se disputó el 24 de Junio de 1964 en el Nou Camp de Barcelona. La primera parte terminó con empate a uno en el marcador, gol de Urtiaga. En el gol zaragocista se pidió fuera de juego. Esta primera parte fue dominada por el Valencia, y debió acudir a los vestuarios con clara ventaja. En la segunda parte se igualó el partido, pero Lapetra hizo el 2-1 para el Zaragoza. Poco después, Guillot consiguió el gol del empate, que fue anulado por el colegiado portugués Joaquin Campos. Más tarde Guillot fue objeto de un clarísimo penalty, que tampoco fue pitado por el árbitro. Ante tal injusticia, los jugadores del Valencia protestarón fuertemente al árbitro, y Suco fue expulsado. El Valencia entonces se volcó en el área del Zaragoza. Y, por si fuera poco, el árbitro pito el final del partido justo en el minuto 90, cuando se habían perdido muchos minutos, y con el Valencia volcado totalmente sobre el área zaragocista. El árbitro entró corriendo en el tunel de vestuarios, por si acaso.
La alineación del Valencia C.F. en la final fue: Zamora, Arnal, Quincoces II, Vidagany, Paquito, Roberto, Suco, Guillot, Waldo, Urtiaga y Ficha. El Valencia perdió, muy injustamente por 2-1, y no pudo conseguir su tercer título consecutivo de la Copa de Ferias.
Plantilla de la temporada 1963-1964
| Presidente | Julio de Miguel |
| Entrenador | Bernardino Pérez "Pasieguito", Edmundo Suárez "Mundo" |
| Porteros | Martínez, Ñito, Zamora |
| Defensas | Arnal, Chicao, Mestre, Piquer, Quincoces II, Verdú, Verdugo, Vidagany, Vilar |
| Medios | Paquito, Roberto, Sastre, Totó |
| Delanteros | Cabello, Ficha, Guillot, Héctor Núñez, Mañó, Navarro, Poli, Ribelles, Sánchez Lage, Suco, Urtiaga, Waldo |